HU Bioinfo Launcher #

HU bioinfo-launcher とは？ #

Cursorの拡張機能で、データ解析に使うRやPythonの環境を簡単に用意してくれます。
Docker（仮想的な開発部屋）を使って、誰でも同じ開発環境をすぐに使えるようにします。

機能 #

統一環境: RとPythonを同じ開発部屋（Dockerコンテナ）で使えます。
簡単設定: VS Codeの画面でポチポチするだけで環境ができます。
キャッシュ共有: よく使う部品（ライブラリなど）を共有して、効率的に作業できます。
プロジェクトの作成 コマンド一つで簡単にRとPythonが使えるプロジェクトを作成できます。

使うには？ #

LinuxかMacで使えます。WindowsはWSL（WindowsでLinuxを使う仕組み）経由で使えます。
Dockerが必要です（自動インストール機能もあります）。
識別子：hu-bioinfo-workshop.bioinfo-launcher 拡張機能で検索

使い方の流れ #

Cursorのコマンドパレット（Ctrl+Shift+P または Cmd+Shift+P）を開きます。
bioinfo-launcher: Start bioinfo-launcher を選んで実行。
作業場所とGitHubの合鍵（PAT）を設定します。
環境ができたら、新しいCursorウィンドウが開き、そこで作業開始！
プロジェクトの作成はpremコマンドで作成できます。

プロジェクトの作成方法 #

1.新しいディレクトリを作りながらそこをプロジェクトにする #

prem playground

こうするとカレントディレクトリに新しくplaygroundというディレクトリが作成され、その中にRとPythonの環境ができます。

2.すでに存在するディレクトリをプロジェクトにする #

mkdir playground
cd playground
prem

先にディレクトリを作っておいてその中に入ってpremを実行するとそこがプロジェクトになります。

2の方法はあまり使わないかもしれません。
例えば別の環境で作ったコードが入ったディレクトリを持ってきてそのまま使いたい場合に、そのディレクトリをプロジェクトにすると便利です。

GitHubの合鍵（PAT）の準備

GitHubアカウントの作成/サインイン
- 持っていない場合は GitHub公式サイトで作成します。
- 作成済みならサインインします。
PAT設定ページへ移動
- 右上のプロフィールアイコン → Settings → 左メニューの Developer settings → Personal access tokens → Tokens (classic) と進みます。
新しいPATを生成 (classic)
- Generate new token ボタン → Generate new token (classic) を選択。
- (パスワード確認があれば入力)
PATの詳細設定
- Note (メモ): 分かりやすい名前 (例: Bioinfo Launcher WSL Token) を入力。
- Expiration (有効期限): 30 days や 90 days などを選択 (無期限は非推奨)。
- Select scopes (権限スコープ): 以下にチェックを入れます。
  - repo (プライベートリポジトリへのアクセス)
  - read:packages (GitHub Packagesからの読み取り)
  - workflow (GitHub Actionsワークフロー操作)
PATを生成して安全に保管
- Generate token ボタンをクリック。
- 表示されたPAT (ghp_で始まる文字列) は一度しか表示されません。必ずコピーし、安全な場所に保管してください。

このPATは後ほど使用します。パスワード同様、大切に扱ってください。

注意: PATを紛失した、もしくは漏洩した場合は必ず そのPATを削除 して新しく作り直してください。

ファイルの場所 #

設定した作業場所のフォルダに、cache/, container/ といったフォルダができます。

別の場所にコンテナを作り直すには #
Cursorのコマンドパレット（Ctrl+Shift+P または Cmd+Shift+P）を開きます。
bioinfo-launcher: Reset bioinfo-launcher Config を選んで実行。
新しい作業場所とGitHubの合鍵（PAT）を設定します。
環境ができたら、新しいCursorウィンドウが開き、そこで作業開始！